国家质检总局和海关总署开发了电子通关单联网核查系统，于2008年1月1日在全国检验检疫机构和海关正式实施。
一、概念和基本流程
通关单联网核查是依据“先报检、后报关”的原则， 检验检疫机构和海关对法定检验检疫进出口商品，实行出/入境货物通关电子数据与进/出口货物报关单电子数据的联网核查。
核查的基本流程是：检验检疫机构根据规定对法检商品签发通关单，实时将通关单电子数据通过质检电子业务平台、经电子口岸信息平台传输给海关，海关凭以验放法检商品，办结海关手续后将通关单使用情况反馈质检总局。
二、联网核查的要求
进出口企业在报检、报关时，必须按照有关规定如实申报，并保证通关单信息与报关单申报内容一致，如果数据不一致的，海关将做退单处理。
联网核查时比对的内容和要求包括：
1、通关单号与报关单上填报的通关单号一致;
2、报关单的经营单位与通关单的收/发货人一致;
3、报关单的启运国与通关单的输出国家或地区一致;
4、报关单的运抵国与通关单的输往国家或地区一致;
5、报关单上法检商品的项数次序与通关单上货物的项数顺序一致;
6、报关单上法检货物与通关单上对应货物的HS编码一致;
7、报关单上每项法检货物的法定第一数量不超过通关单上对应的数量/质量;
8、报关单上法检货物的第一计量单位与通关单上的货物数量/重量计量单位相一致;
9、出口货物报关单上“申报日期”在出境货物通关单有效期内。
三、通关单信息状态
企业取得通关单后，可通过中国电子检验检疫业务网查询通关单状态信息。通关单状态信息有七种：已发送电子口岸、电子口岸已收到、海关已入库、海关已核注、海关已核销、海关未能正常核销、通关单已过期。
