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为了保持集装箱运价的稳定，避免海运成本变化导致运价的波动，集装箱班轮运输仍然沿袭了班轮运输的费率形式，即基本费率加附加费率。不过无论是基本费率还是附加费率，其形式比班轮运输要简洁的多。基本费率的形式包括均一费率（FAK）、包箱费率（CBR）。
与普通班轮一样，国际集装箱海运运费除计收基本运费外，也要加收各种附加费。附加费的标准与项目，根据航线和货种的不同而有不同的规定。集装箱海运附加费通常包括以下几种形式：港口拥挤附加费、变更卸货港附加费、选择卸货港附加费、燃油附加费、货币贬值附加费等。本文就各船公司通常主要用到的三种附加费作一系统地讲述。
1． 港口拥挤附加费（THC）。
港口拥挤附加费也称船舶拥挤附加费（THC），是对运往卸货港的货物因船舶拥挤致使停泊时间延长而临时征收的附加费。这种附加费中有按一定数额计收的和按运费的一定百分比来计收的两种。船舶拥挤大多发生在发展中国家的港口，主要是由于港口设备差，进口计划性不强，政情不稳，罢工，怠工，劳动热情低等原因。就运费的提高而言，一般都由各航运公会公布一个一定的实施预告期，但如果船舶拥挤是偶然引起的，也可根据公会应急条款（CONTINGENCｙ CLAUSE）的规定，在没有预告的情况下进行征收。但是在美国航运界，联邦海事局（FEDERAL MARITIME COMMISSION）规定，即使在这种情况下，也需要至少有一个月的预告期。
2． 燃油附加费（BAF）。
一般是指在不得不比一般水平的价格高或比普通使用的燃油价格更高的价格来补给燃油时（例如因进入战时体制供油地的油价高涨，或因象上次石油冲击那样的不测事态而涨价等），通常油价及其差额要转嫁到每一吨货物或分摊到基本费率上去。
这一附加费的计算方法是，先按平常价格营运时一个航次的总燃料费与按涨价后的总燃油费求出差额，除以船舶装载能力，计算出每一载重吨应负担的差额。或者，算出上涨价格比平常价格上升的比例，并以基本费率来除它，就可求出基本费率应加的百分数了。
3． 货币贬值附加费（CAF）。
因为定期航线通常要涉及到使用两种以上不同货币的国家，所以其运费率须以较稳定的货币计价，在多数情况下是以美元为基础。虽然各国以一定的汇率与美元等主要货币结算不会有什么问题，但是如果在主要货币的稳定性比较差的情况下，公会所管辖的两国以上货币的交换就会产生变化。
例如与1美元＝360日元的时代相比，当美元事实上已贬值到1美元＝308日元或1美元＝276日元时，船公司从货主处收取的美元换算成日元以后，在运费额中每美元分别遭到52日元或84日元的汇兑差额损失。为弥补这种差额损失而征收的费用，即所谓货币贬值附加费。实际上在货币的变动幅度不大或会员船公司并没有把这种货币换成其他货币（这时并没有发生差额损失）时，也有照样考虑在基本费率上增收一定百分数来征收这种附加费的。
另外，现在以日本为中心的许多公会，货币贬值附加费基于货主的同意，已有了一定的公式，根据这一公式可以自动地计算出附加费率。另外，相对于主要国家货币的其他货币，在其汇率大幅度贬值的情况下，也会产生负值的货币贬值附加费。
除上述各项附加费外，其他有关的附加费计收规定与普通班轮的附加费计收规定相同。这些附加费包括：因港口情况复杂或出现特殊情况所产生的港口附加费PORT ADDITIONAL ；因战争、运河关闭等原因迫使船舶绕道航行而增收绕航附加费DEVIATION SURCHARGE 等。此外，对于贵重货物，如果托运人要求船方承担超过提单上规定的责任限额时，船方要增收超额责任附加费ADDITIONAL FOR EXCESS OF LIABILITｙ 。
需指出的是，随着世界集装箱船队运力供给大于运量需求的矛盾越来越突出，集装箱航运市场上销价竞争的趋势日益蔓延，因此，目前各船公司大多减少了附加费的征收种类，将许多附加费并入运价当中，给货主提供一个较低的包干运价。这一方面起到了吸引货源的目的，同时也简化了运费结算手续。
